Początki kościoła wiążą się z powstaniem miasta. Pierwsza świątynia stanęła tu około XVI wieku. w 1767 roku spłonęła ona wraz z całym miasteczkiem od uderzenia pioruna. Na jego miejscu stanęła kaplica, ufundowana przez tutejszą dziedziczkę Mariannę z Corticellich Kostecką.
Kolejny kościół z prawdziwego zdarzenia został wybudowany w Janikowie dopiero w 1873 roku. Jest to kościół pod wezwaniem Św. Anny postawiony na miejscu dawnego drewnianego kościoła z XVII wieku. Utrzymany jest on w stylu późnobarokowym. Jest to budowla jednonawowa z bardzo krótkim prezbiterium zakończonym półkoliście. Ołtarz główny, jak przystało na tutejsze tradycje rzemieślnicze został wyciosany z kamienia. Zamiast płaskiego obrazu, jak to jest w zwyczaju, mamy tu płaskorzeźbę przedstawiającą Matkę Boską z Dzieciątkiem i św. Annę, patronkę tegoż kościoła. Znajdujące się w kościele ołtarze boczne również są wykonane z kamienia, nawiązujące w stylu do rzeźby ludowej . Autorem tych prac był kunowski artysta Kłosiński.
Po południowej stronie kościoła stoi drewniana dzwonnica z XVIII wieku, w której znajdowały się dwa dzwony. Dzwonnica ma konstrukcję słupową o pochyłych ścianach, z węższą , oddzieloną daszkiem kondygnacją górną.
W Janikowie znajdują się dwie XIX-wieczne figury przydrożne: rzeźba Chrystusa upadającego pod krzyżem oraz czteroboczny słup na cokole dźwigający cztero-arkadową kapliczkę z rzeźbą Chrystusa Frasobliwego wewnątrz.
W 2011 r., jako że kościół jest wpisany w rejestr zabytków, dokonano wymiany dachu, w celu zabezpieczenia wnętrza przed zamakaniem oraz odprowadzanie wody opadowej.
